Det første man ser, når man bevæger sig fra våbenhuset og ind i kirken er altertavlen. Altertavlen er en katekismetavle. Hermed menes, at den består af ord og ikke billeder. Ordene er bibelcitater. Den er fremstillet i 1604, og er ligesom kirken blev restaureret siden hen. Der er antageligt ikke sket de store forandringer med den. Alteret er et rustikt murstensalter. Det er hult inden i og man har fundet en lille blyæske indeholdende relikvier, ben og noget gult stof, som i dag opbevares i nationalmuseets magasiner.
Alterkalken og disken er fra 1646. De fortæller om en mørk tid i Danmark, nemlig om svenskekrigene i det 17. århundrede. På kalken har giveren Ida Gøje fået indgraveret: Denne kalk og disk har fru Ida Gøje ladet gøre her til Vrejlev Kirke 1646 efter det svenske indfald 1644, da de bortrøvede den tidligere kirkekalk og disk på samme tid
Prædikestolen er fra 1639 og sidder i dag fastgjort i det nordlige sideskib. Dens oprindelige placering var i midterskibet, dvs. på kirkens nuværende sydlige murværk. Prædikestolen er fremstillet af træ. Træskærerarbejderne i prædikestolen er fremstillinger af vigtige episoder i Jesu liv: hans fødsel, omskærelse, tilfangetagelsen i Getsemane Have. Serien er afbrudt af våbenskjolde fra godsejertiden. Med korsfæstelsen tages tråden op, derpå følger opstandelsen og endelig himmelfarten. På den sidste fremstilling kan man ikke se Jesus, han er taget op til Himlen og er derfor uden for vores synsvidde, en sky skjuler ham, men vi kan se, at han har været her. Han har sat sine fodaftryk på jorden.
Døbefonten er ligesom prædikestolen fra 1639. Den er speciel ved, at den er fremstillet af træ og ikke af granit eller andet stenmateriale, som ellers er det almindelige. Der har formodentlig tidligere været en granitdøbefont, som sikkert i dag står i en af omegnens kirker. Dåbsfadet er fra 1623. På bunden af fadet ses Mariæ bebudelse.
Bagved døbefonten ses et stort trefløjet træparti, som oprindelig var indgang til det nuværende gravkapel, men som antageligt har været et dåbsrum på et tidspunkt. Indskriften er nemlig de ord af Jesus, som lyder ved barnedåben: ”Lad de små børn komme til mig, thi det må I ikke hindre dem i”. I gravkapellet står der opstillet 6 kister. Den ældste er fra 1676 og den yngste er fra 1721. Kisterne indeholder de jordiske rester af en familie: forældrene Hedvig og Peder Juel samt deres børn og en svigersøn.